மேற்குத் தொடர்ச்சி மலை அடிவாரத்தில் சந்தனச் சோலைகளும் மூலிகைகளும் நிறைந்த பொதிகை மலை உச்சியில் தாமிரபரணி உற்பத்தியாகி பாய்ந்து வரும் தாமிரபரணி ஆற்றங்கரையில் இக்கோயில் அமையப் பெற்றுள்ளது. மூலவர் பாபநாசநாதர். லிங்க வடிவில் அருள்பாலிக்கிறார். அம்மாள் உலகம்மை விமலை உலகநாயகி. சுவாமி சன்னதிக்கு வடக்கில் உலகம்மை சன்னதி மேற்கு நோக்கி அமைந்துள்ளது. கருவறையில் அம்மை அழகே உருவாக வலது கையில் மலர்ச் செண்டுடனும் இடது கையைத் தொங்க விட்டும் நின்ற கோலத்தில் அருள் பாலிக்கிறாள். இடம் பாபநாசம் திருநெல்வேலி. புராண பெயர் இந்திரகீழ சேத்திரம். தலவிருட்சம் முக்கிளா மரம். தீர்த்தங்கள் தாமிரபரணி வேத தீர்த்தம் பைரவ தீர்த்தம் கல்யாண தீர்த்தம்.
அகத்தியரின் சீடரான உரோமச முனிவர் தாமிரபரணி நதிக்கரையில் பல இடங்களில் லிங்க பிரதிஷ்டை செய்ய வேண்டும் என்று அதற்கான இடங்களை தேர்ந்தெடுத்து தருமாறும் குருவிடம் கேட்டார். சிவனுக்கு பூஜை செய்த தாமரை மலர்களை தாமிரபரணியில் வீசும்படியும் அவை எங்கெல்லாம் கரை ஒதுங்குகிறதோ அங்கெல்லாம் லிங்க பிரதிஷ்டை செய்யும்படியும் அகத்தியர் கூறினார். அதன்படி உரோமசர் தாமரை மலர்களை நீரில் விட 9 பூக்கள் பல இடங்களில் கரை ஒதுங்கின. இந்த இடங்களில் எல்லாம் சிவலிங்க பிரதிஷ்டை செய்தார் உரோமசர். இவை நவ கைலாய தலங்கள் எனப்பட்டன. நவக்கிரகங்கள் ஒன்பது என்பதால் ஒவ்வொரு கிரகத்திற்கும் ஒவ்வொரு இடம் ஒதுக்கப்பட்டது. 1. பாபநாசம் 2. சேரன்மாதேவி 3. கோடகநல்லூர் 4. செங்காணி 5. முறப்பநாடு 6. ஸ்ரீவைகுண்டம் 7. தெந்திப்பேரை 8. ராஜாதிபதி 9. சேந்தபூமங்களும் ஆகிய கோயில்கள் நவகைலாயங்கள் என்று அழைக்கப்படுகிறது. நவ கைலாயம் என்று அழைக்கப்படும் கோவில்களில் முதன்மையான இக்கோயில் முதல் கிரகமான சூரியனுக்கு உரியது. சூரிய தலம் என்றும் சூரிய கைலாயம் என்றும் இக்கோயில் அழைக்கப்படுகிறது.
அம்பாளின் 51 சக்தி பீடங்களில் இக்கோயில் விமலை சக்தி பீடம் ஆகும். கோயிலின் அனைத்துக் கருவறைகளயும் உள்ளடக்கியவாறு கோயிலைச் சுற்றிக் கருங்கல் சுற்றுச்சுவர் அமைக்கப்பட்டுள்ளது. நுழைவாயில் கோபுரம் ஏழு அடுக்குகள் கொண்டதாகும். கருவறையின் வெளிச்சுவற்றில் விநாயகர் சுப்பிரமணியர் தட்சிணாமூர்த்தி துர்க்கை நவகோள்கள் ஆகியோரின் உருவங்கள் அமைக்கப்பட்டுள்ளன. கொடிமரத்தை அடுத்துள்ள சிறுகோயிலில் யாளிகளைமைந்த தூண்களைக் கொண்ட மண்டபத்தில் நடராசர் உள்ளார். இங்கு ஆனந்த தாண்டவ கோலத்தில் காணப்படும் நடராசர் புனுகு சபாபதி என அழைக்கப்படுகிறார். இக்கோயில் குளம் பாபநாச தீர்த்தம் எனப்படுகிறது. மேலும் அகத்திய தீர்த்தமும் கல்யாணி தீர்த்தமும் இக்கோயிலைச் சேர்ந்தவையாகும். அகத்தியர் லோபாமுத்ரையுடன் அருள் பாலிக்கிறார்.
அசுர குருவான சுக்ராச்சாரியாரின் மகன் துவஷ்டா என்பவனை குருவாக ஏற்றான் இந்திரன். ஒரு சமயம் துவஷ்டா அசுரர்களின் நலனுக்காக யாகம் ஒன்றை நடத்தினார். இதனை அறிந்த இந்திரன் அவரை கொன்று விட்டான். இதனால் அவனை பிரம்மஹத்தி தோஷம் பிடித்தது. பூலோகத்தில் பல தலங்களுக்கும் சென்று சிவனை வழிபட்டு விமோசனம் தேடினான். வியாழ பகவான் இந்திரனிடம் இத்தலத்தில் உள்ள சுவாமியை வணங்கினால் தோஷம் நீங்கும் என்றார். அதன்படி இந்திரன் இத்தலத்தின் எல்லைக்கு வந்தபோதே பாவம் நீங்கப்பெற்றான். இந்திரனின் பாவத்தை நீக்கிய சிவன் என்பதால் இவர் பாபநாசநாதர் என்று பெயர் பெற்றார்.
முற்காலத்தில் விக்கிரமசிங்கபுரத்தில் நமசிவாயக் கவிராயர் என்பவர் வாழ்ந்து வந்தார். இவர் உலகம்மை மீது அளவு கடந்த பக்தியும் அன்பும் கொண்டிருந்தார். இவர் தினந்தோறும் பாவநாசம் திருக்கோயிலுக்குச் சென்று அர்த்தசாம வழிபாட்டில் அம்பிகையை தரிசித்துவிட்டு வருவதை வழக்கமாக கொண்டிருந்தார். ஒரு நாள் இவர் இங்கு தரிசனம் முடித்துவிட்டு அம்மையின் மீது பாடல்களைப் பாடிகொண்டு நடந்தபடியே வீடு திரும்பிக் கொண்டிருந்தார். உலகம்மை கவிராயரின் பாடல்களைக் கேட்டவாறே அவருக்குத் தெரியாமல் பின்தொடர்ந்து வந்தாள். கவிராயர் தரித்திருந்த தாம்பூலத்தின் எச்சிலை அவர் உமிழ்ந்து கொண்டே பாடி வர அந்த உமிழ்ந்த எச்சில் பின் தொடர்ந்து வந்த அம்மையின் மீது பட்டுவிட்டது. அக்கோலத்துடனேயே அம்பிகையும் கோயிலுக்கு எழுந்தருளினாள். மறுநாள் காலை கோவிலுக்கு வந்த அர்ச்சகர் அம்மையின் வெண்ணிற ஆடை முழுவதும் படிந்திருந்த தாம்பூல எச்சில் திவலைகளைக் கண்டு மனம் பதறி மன்னனிடம் முறையிட்டார். மன்னனும் திருக்கோவில் வந்து பார்வையிட்டு அதற்குரிய பிராயச்சித்த பூஜைகள் செய்ய உத்தரவிட்டார். இப்பாதகச் செயலைச் செய்தவரை கண்டுபிடிக்க உத்தரவு பிறப்பித்தார்.
நமச்சிவக்கவிராயர் தாம்பூலம் தரிக்கும் பழக்கமுடையவர் ஆகவே அவர் மீது சந்தேகம் கொண்டு அவரை கைது செய்து சிறையில் அடைத்தார்கள் அரண்மனை வீரர்கள். அன்றிரவு மன்னன் கனவில் அம்மை தோன்றி நடந்த விவரங்களை கூறினாள். இதனால் திகைத்து விழித்தெழுந்த மன்னன் மறுநாள் காலை நமச்சிவாயக்கவிராயரை அழைத்து வரச்செய்து அவருடைய பக்தியை உலகறியச் செய்ய எண்ணி அம்மையின் கரத்தில் பூச்செண்டு ஒன்றை வைத்து பொன் கம்பிகளால் கட்டிவைத்து கவிராயரின் பக்தி உண்மையென்றால் அவர் பாடும் பாடல்களுக்கு இசைந்து அப்பூச்செண்டு கவிராயரின் கைகளுக்கு தானே வர வேண்டும் என கேட்டுக் கொண்டார். உடனே நமச்சிவாய கவிராயரும் அம்மை மீது அந்தாதி பாடல்களை பாடினார். அப்படி அவர் பாடிய ஒவ்வொரு பாடலின் முடிவிலும் அம்மையின் கரத்தில் கட்டப்பட்டிருந்த பொன் கம்பிகள் ஒவ்வொரு சுற்றாக அறுந்து கவிராயரின் பெருமையை வெளிப்படுத்தியது. இறுதியாக கவிராயர் பாடலை பாடி முடிக்கவும் அம்மையின் கரங்களில் இருந்த பூச்செண்டு கவிராயர் கைக்கு தானாக வந்தது. இதனைக் கண்ட மன்னனும் கவிராயரின் பக்தியை மெச்சி அவரை விடுதலை செய்து அவரிடம் மன்னிப்பு கோரினான். இதன் மூலம் நமச்சுவாயக் கவிராயரின் புகழை அம்மை உலகறியச்செய்தாள்.
இத்தலத்து லிங்கத்திற்கு முக்கிளா லிங்கம் என்ற பெயரும் உண்டு. கருவறையில் ருத்ராட்ச வடிவிலும் பிரகாரத்தில் முக்கிளா மரத்தின் கீழும் பாபநாசர் இருக்கிறார். ரிக் யஜுர் சாமம் ஆகிய மூன்று வேதங்களே கிளா மரமாக மாறி இறைவனுக்கு நிழல் தந்தும் அதர்வண வேதம் ஆகாயமாக இருந்தும் இவரை வழிபட்டது. எனவே சிவனுக்கு இப்பெயர் வந்தது. அம்பாள் உலகம்மை சன்னதி முன்பு ஒரு உரல் இருக்கிறது. இதில் பெண்கள் விரளி மஞ்சளை இட்டு அதனை இடித்து இம்மஞ்சளாலேயே அம்பாளுக்கு அபிஷேகங்கள் நடக்கிறது. வியாக்ரபாதர் பதஞ்சலி ஆகியோருக்கு ஒரு தைப்பூசத்தன்று நடராஜர் நந்தியின் கொம்புகளுக்கு இடையே நின்று நடன தரிசனம் தந்தார். எனவே இங்கு தைப்பூசத்தில் நந்திக்கு சந்தனக்காப்பு செய்து சிறப்பு பூஜைகள் நடக்கிறது. இத்தலத்தில் இறைவன் இறைவியுடன் திருமணக் கோலத்தில் அகத்தியருக்கு காட்சியளித்தார். இக்கோயிலுக்கு அருகிலுள்ள அருவி அகத்தியர் அருவி என அழைக்கப்படுகிறது
பொதிகை மலையில் உருவாகி மலைகளில் விழுந்து வரும் தாமிரபரணி நதி இக்கோயிலுக்கு அருகேதான் சம நிலையடைகிறது. தினமும் உச்சிக்கால பூஜையின் போது தாமிரபரணி நதியில் மீன்களுக்கு நைவேத்திய உணவுகளைப் படைத்து பூஜைகள் செய்யப்படுகிறது. சாளுக்கிய பாண்டியர்களால் கட்டப்பட்ட இக்கோயில் பின்னர் 16ஆம் நூற்றாண்டில் விஜயநகர அரசர்களாலும் நாயக்கர் அரசர்களாலும் மேலும் விரிவுபடுத்தப்பட்டுள்ளது. நாயக்கர் காலக் கலைப்பாணியிலான சிற்பங்கள் இக்கோயிலில் காணப்படுகின்றன. மதுரையைச் சுற்றியுள்ள பகுதிகளை ஆண்ட சந்திரகுல பாண்டியன் என்ற பாண்டிய அரசனால் இக்கோயிலின் நடுக் கோயிலும் விமானமும் கட்டப்பட்டது. மதுரை நாயக்க வம்சத்தைச் சேர்ந்த வீரப்ப நாயக்கரால் கிபி1609-23 யாகசாலை கொடிமரம் நடராசர் மண்டபம் கட்டப்பட்டன.